Kepercayaan masyarakat dan pemerintah terhadap STMIK AMIKOM Yogyakarta begitu besar. Guna memenuhi kebutuhan tenaga kerja professional di bidang Teknologi Informasi maka Bapak Drs. Muhammad Suyanto, M.M. selaku Ketua STMIK AMIKOM Yogyakarta saat itu memerintahkan Bapak Moch. Hari Purwidiantoro, S.T., M.M. dan Bapak Berlilana, S.P., S.Kom. untuk mengurus dan mendirikan Yayasan IMKI Purwokerto yang bertempat di Jl. HR. Bunyamin P2 No.4, Limas Agung Estate, Purwokerto dengan Ketua Dewan Pembina Yayasan IMKI Purwokerto adalah Drs. Muhammad Suyanto, M.M.
Pendirian yayasan tersebut disahkan di depan notaris pembuat Akta Pendirian Henny Susilaningtyas, S.H. pada tanggal 21 November 2002 dengan Nomor 4 tahun 2002. Atas saran dan masukan dari Dirjen Dikti maka nama Yayasan IMKI Purwokerto diganti dengan nama Yayasan AMIKOM Purwokerto. Perubahan nama ini juga diaktakan pendiriannya di kantor notaris Henny Susilaningtyas, S.H. pada tanggal 18 Februari 2003 dengan Nomor 5 tahun 2003. Dikarenakan akte pendirian yayasan tersebut belum disahkan oleh Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia, maka dipandang perlu mendirikan Yayasan Amikom Purwokerto dengan Akta Pendirian No.18 pada tanggal 26 Agustus 2010 oleh notaris Ahmad Priyo Susetyo, S.H, M.Kn. dan disahkan oleh Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia dengan Nomor: AHU.4689.ah.01.04.Tahun 2010
Setelah semua proses keadministrasian dan syarat-syarat yang diajukan oleh Yayasan AMIKOM Purwokerto dinyatakan baik dan lengkap, maka pada tanggal 16 Mei 2005 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 64/D/O/2005 secara resmi berdirilah SEKOLAH TINGGI MANAJEMEN INFORMATIKA DAN KOMPUTER (STMIK) AMIKOM PURWOKERTO di Purwokerto dengan dua Program Studi masing-masing untuk jenjang pendidikan Strata-1 (S-1) yaitu Program Studi Sistem Informasi (SI) dan Program Studi Teknik Informatika (TI).
Pada akhir tahun 2018, Yayasan AMIKOM Purwokerto melakukan penggabungan dengan ABA SINEMA Yogyakarta guna mengajukan perubahan bentuk dari STMIK menjadi Universitas. Dan pada pertengahan tahun 2019, tepatnya pada tanggal 02 Juli 2019 ajuan tersebut resmi diterima dan penyerahan SK dilakukan pada tanggal 26 Juli 2019.
